三元区环境保护局
负责三元区环境监测和信息发布，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织建设和管理环境监测网和信息网，建立和实行环境质量公告制度，统一发布三元区环境综合性报告和重大环境信息。
承担落实三元区政府减排目标的责任；组织拟定三元区污染物排放总量控制计划并监督实施，督查、督办、核查三元区污染物减排任务完成情况，实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
负责三元区核安全和辐射安全的监督管理。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全、核技术应用和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、安装和无损检验活动实施监督管理。
下属机构
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环境监察大队
对三元区现场监督检查中发现的违反环保法律、法规及规章的行为进行制止，并按规定进行处理。
负责应急受理、启动、组织协调现场调查处理等应急管理办公室的日常工作，与办公室要加强协调与配合，建立单位和部门间的协调机制，经常沟通应急管理的有关情况，协商解决有关重大问题。组织对重点污染源（区域）的日常巡查，督促相关问题的整改。负责三元区重点污染监控企业的确定和调整工作。
负责对三元区建设项目环境影响评价制度和“三同时”制度执行情况、限期治理项目完成情况及其他环境管理制度和措施的执行情况进行现场监督检查。
负责本队业务档案的整理、立卷、归档工作。
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污染防治总量股
负责三元区污染源普查及普查更新调查工作。
负责三元区排污许可证审核及办理工作。
负责确定三元区重点污染企业和重点企业的污染物排放统计工作，并按时上报及公布。
承担落实三元区减排目标的责任。拟订编制总量控制计划，并组织实施。测算并确定三元区主要污染物减排量及新增量。提出实施总量控制的重点企业的控制指标。负责污染减排工程运行监督工作。建立总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。
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建设项目环境管理科
负责对三元区三元区辖区内环保审批的建设项目环境影响评价文件实施初步审查。
负责三元区规划环境影响评价工作的综合管理。
完成三元区环境保护局领导交办的其他工作。
负责三元区环境影响评价工作。
