新疆人防办
负责新疆人民防空经费和国有资产。依法收缴社会负担的人防建设费用，编制人民防空经费预决算，对使用情况适时监督检查。
负责新疆人民防空宣传教育工作。组织制定人民防空和参与防灾救灾教育计划并组织实施。
组织管理新疆人民防空指挥信息化建设。指导和开展指挥自动化、空情报知、防空警报、通信保障和信息保密系统建设，建立健全人防信息系统执勤和维护管理制度，监督新疆人防指挥信息系统畅通。
下属机构
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财务处
负责对新疆人防资金的审计监督工作。
负责对新疆人防国有资产监督管理工作。
负责新疆人防经费预决算的审核工作和人防建设项目的竣工决算工作。
负责中央预算和新疆各类人防建设资金的申报、筹措、调拨、审核、汇总上报。
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综合处
负责组织对社会的人防和民防宣传报道工作。
负责新疆行政复议、行政诉讼和行政执法监督工作。
组织起草新疆人民防空法规规章，拟订有关政策。
负责新疆人民防空法律法规的组织实施和监督检查。
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指挥通信处
利用新疆人防设施和人防专业队伍为经济建设和防灾救灾服务。
参与承担新疆政府赋予的防灾核实工作。
负责新疆民防建设的研究与实践工作。
组织新疆人防指挥、通信业务训练，指导人防专业队伍整训、疏散基地（地域）建设、重要经济目标防护和学校人防知识教育。
