南浔区环境保护局
指导、协调、监督南浔区生态保护工作。拟定生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、矿山复垦、石漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）保护工作，组织协调生物多样性保护工作。
负责南浔区核安全和辐射安全的监督管理。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全、核技术应用和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、安装和无损检验活动实施监督管理。
负责南浔区环境监测和信息发布，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织建设和管理环境监测网和信息网，建立和实行环境质量公告制度，统一发布南浔区环境综合性报告和重大环境信息。
下属机构
-
办公室
负责南浔区环境保护局信息化建设工作，组织实施电子政务。
负责南浔区环境保护局机关政务值班工作，编制节假日值班表并搞好督查。
承办南浔区环境保护局领导交办的其他工作。
组织协调南浔区环境保护局机关日常管理工作，负责岗位目标责任的制订和考核，实施政务督查、政务公开。
-
建设项目环境管理科
负责南浔区审批项目的环境保护设施设计备案及试生产（预验收）审批并参与竣工环保验收。
负责本科室业务档案的整理、立卷、归档工作。
完成南浔区环境保护局领导交办的其他工作。
贯彻执行国家和南浔区有关环境影响评价的法律、法规和规章
-
污染防治总量股
承担落实南浔区减排目标的责任。拟订编制总量控制计划，并组织实施。测算并确定南浔区主要污染物减排量及新增量。提出实施总量控制的重点企业的控制指标。负责污染减排工程运行监督工作。建立总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。
负责确定南浔区重点污染企业和重点企业的污染物排放统计工作，并按时上报及公布。
负责南浔区排污许可证审核及办理工作。
负责南浔区污染源普查及普查更新调查工作。
