墨玉县水产局
负责墨玉县水产局行政事务、车辆管理使用。
进行调查研究，综合分析工作情况，提出指导工作的意见和建议。
协调墨玉县水产局各科站的工作并负责催办查办。
下属机构
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船检港监管理处
负责组织墨玉县渔船船员培训及考试发证工作，办理船舶进出渔港签证及渔业航标管理工作。
负责组织开展墨玉县渔业互助保险、渔业机动渔船燃油补贴管理、渔港规划建设和经营管理，渔业捕捞许可工作。
负责制定墨玉县地方性规章制度和管理办法，依法进行渔业船舶登记、渔业水域防污管理和渔港内的安全及港务管理工作，组织检查渔船安全状况并处理渔业水域交通事故。
负责监督检查墨玉县有关规费的征收、管理和使用情况。
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渔政处
拟定墨玉县渔业资源与生态环境管理、保护和开发规划，并负责组织实施。
组织、指导和监督墨玉县自然保护区和水产种质资源保护区建设与管理工作。
指导墨玉县渔业环境监测工作，协调处理重大渔业纠纷和渔业污染事故。
负责墨玉县相关法律法规授权的其他职能。
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产业发展处
负责墨玉县水产原良种场建设布局和建成后的管理。
负责墨玉县水产健康养殖生产管理，组织推荐、协助验收部级水产健康养殖示范场以及实施省级水产健康养殖示范场的组织申报、验收和考核工作。
承担墨玉县水产局领导交办的其他事项。
负责墨玉县水生动植物检疫工作。负责墨玉县水产品市场体系建设规划。
