巴音郭楞州水产局
做好巴音郭楞州水产局上级领导或来客人的接待工作。
按照巴音郭楞州水产局领导和上级要求起草文件、报告请示、总结、工作汇报、信息等多种文稿，办理上呈下达的文电、负责文书处理。
负责巴音郭楞州水产局档案资料的收集、整理、立卷。
下属机构
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质安办
负责巴音郭楞州无公害水产品产地和产品认证工作。
负责巴音郭楞州水产品质量安全技术培训工作。
负责协调巴音郭楞州渔业“三站合一”（水产品质量检测、渔业环境监测、水生动物病害防治）综合职能工作。
负责巴音郭楞州水产品产地准出、市场准入及质量追溯工作。
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船检港监管理处
负责发布巴音郭楞州渔业水域的航行通告和航行警告，维护渔业水域的交通港航秩序。
承担局领导交办的其他事项。
负责组织巴音郭楞州渔船船员培训及考试发证工作，办理船舶进出渔港签证及渔业航标管理工作。
负责巴音郭楞州渔船及其船用产品节能减排工作指导和监管工作。
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渔政处
负责巴音郭楞州禁渔期制度、小龙虾禁捕制度、捕捞许可证制度的贯彻落实，以及水域滩涂养殖规划编制及发证。
负责巴音郭楞州渔政执法督察工作，监督、检查、指导巴音郭楞州渔业行政执法监管工作。
协调制定巴音郭楞州渔业资源增殖保护费征收标准并组织监督检查，负责水生野生动物资源保护费的征收。
拟定巴音郭楞州渔业资源与生态环境管理、保护和开发规划，并负责组织实施。
