呼伦贝尔水产局
负责呼伦贝尔水产局总党委会、局长办公会、全体会和有关业务工作会议的材料、会务及组织工作，督查会议决议事项的落实。
搞好呼伦贝尔水产局党务、信访、维稳、宣传，办理有关人事调动，工作调整，干部考察任免等项工作，承办纪检、监察群团、工会、审计、计划生育、法律等方面的工作。
按照呼伦贝尔水产局领导和上级要求起草文件、报告请示、总结、工作汇报、信息等多种文稿，办理上呈下达的文电、负责文书处理。
下属机构
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质安办
负责制定呼伦贝尔水产品质量安全年度检测方案，组织实施呼伦贝尔水产品产地检测。
协助呼伦贝尔农业部、农业厅开展年度水产品质量安全例行监测、产地检测。
负责呼伦贝尔无公害水产品产地和产品认证工作。
负责协调呼伦贝尔渔业“三站合一”（水产品质量检测、渔业环境监测、水生动物病害防治）综合职能工作。
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船检港监管理处
负责监督检查呼伦贝尔有关规费的征收、管理和使用情况。
负责依法检验呼伦贝尔各类渔船及船用产品、审查渔船设计、建造资格。
负责发布呼伦贝尔渔业水域的航行通告和航行警告，维护渔业水域的交通港航秩序。
负责组织呼伦贝尔渔船船员培训及考试发证工作，办理船舶进出渔港签证及渔业航标管理工作。
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渔政处
负责呼伦贝尔珍稀濒危水生野生动物的保护管理与开发利用工作。
负责呼伦贝尔相关法律法规授权的其他职能。
组织实施呼伦贝尔渔业资源增殖放流工作。
协调制定呼伦贝尔渔业资源增殖保护费征收标准并组织监督检查，负责水生野生动物资源保护费的征收。
