金门县审计局
承办金门县委、金门县政府和审计署交办的其他事项。
指导和推广信息技术在金门县审计领域的应用，指导金门县审计信息化建设。
组织审计金门县政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益。
下属机构
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办公室
主管金门县审计工作。负责对金门县财政收支和法律法规规定属于审计监督范围的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督；对审计、专项审计调查和核查社会审计机构相关审计报告的结果承担责任，并负有督促被审计单位整改的责任。
承办金门县委、金门县政府和审计署交办的其他事项。
指导和推广信息技术在金门县审计领域的应用，指导金门县审计信息化建设。
组织审计金门县政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益。
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财政审计处
负责审计金门县省级预算执行和其他财政财务收支情况，审计金门县地方税务局税收征管情况。
组织、指导开展金门县财政审计工作。负责相关审计或专项审计调查。承办厅党组交办工作。
牵头协调全部政府性资金审计的研究和成果整合。负责相关审计结果跟踪落实工作。
负责与年度市、县（市、区）长经济责任审计同步进行的县（市、区）财政决算审计项目复核工作。负责金门县厅财政审计协调小组的日常工作。
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行政事业审计处
负责与省级财政有拨款关系的金门县人大机关、金门县政协机关、金门县法院、金门县检察院和政党组织、社会团体的财政财务收支审计和经济责任审计。
负责相关审计结果跟踪落实工作。组织、指导金门县行政事业审计业务工作。负责相关审计或专项审计调查。承办厅党组交办工作。
负责金门县厅行政事业审计协调小组的日常工作，汇总省级部门预算执行审计情况。
对省级机关行政单位的预算执行、财政收支审计和领导干部经济责任审计进行牵头协调，确定年度审计工作方案以及对审计结果进行综合分析。
