博尔塔拉州卫生局
负责收集、发布博尔塔拉州当地公共卫生、医疗服务等有关卫生信息和政务公开信息；组织开展医学卫生领域的国际交流与合作。
负责博尔塔拉州当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立博尔塔拉州当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
负责管理博尔塔拉州干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
下属机构
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法制监督处
承担博尔塔拉州卫生局行政复议和应诉的有关工作。
承担博尔塔拉州卫生局行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
组织开展博尔塔拉州消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作。
组织开展整顿和规范博尔塔拉州医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
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疾病控制处
组织指导博尔塔拉州免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置。
组织对博尔塔拉州重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
拟订博尔塔拉州公共卫生问题的干预措施并组织实施。
拟订博尔塔拉州健康促进工作规划和计划并组织实施。
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医政处
负责博尔塔拉州执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作。
拟订博尔塔拉州医疗、护理的技术质量和服务质量以及医疗机构管理的有关政策、规范和标准，并组织实施。
拟订博尔塔拉州血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作。
指导博尔塔拉州医院感染控制体系、医疗急救体系建设。
