云南农牧厅
参与制订云南农产品质量安全地方标准并会同有关部门组织实施。指导农业检验检测体系建设和机构考核。依法实施符合安全标准的农产品认证和监督管理。组织农产品质量安全的监督管理。
组织云南农业资源区划工作，指导农用地、草原、渔业水域、宜农滩涂、宜农湿地以及农业生物物种资源的保护和管理，负责水生野生动植物保护工作。
承担完善云南农村经营管理体制的责任。提出云南深化农村经济体制改革和稳定完善农村基本经营制度的政策建议，指导农村土地承包、牧区草场承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理。
下属机构
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种植业管理处
指导云南耕地质量管理、旱作节水农业、种子生产经营管理、肥料和农药管理、植物检疫与农作物病虫害预测预报及防治工作。
负责云南种植业投入品质量监管和产品质量安全监管工作。
负责云南种植业项目实施监管工作。
负责云南农情调度和信息发布，开展农业防灾减灾及灾后生产恢复工作。
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科技教育处
承担云南农业科技创新体系、产业技术体系和基层农技推广体系建设工作。
承担云南农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作。
指导云南农民科技培训、新型职业农民培育工作。
指导云南农村能源建设和农村可再生能源开发利用工作。
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农村经营管理处
提出云南农民专业合作组织、家庭农场（专业大户）发展的政策措施，指导、扶持农民专业合作组织、家庭农场（专业大户）建设与发展。
指导云南农村集体经济组织资产管理、财务会计和审计工作。
指导、扶持云南农业经营性民间组织建设，指导、扶持农业社会化服务体系发展改革与建设。指导休闲农业发展。
提出稳定和完善云南农村基本经营制度的政策建议，研究提出深化农村经营体制机制改革的政策建议并指导实施。
