台湾农业厅
提出台湾农业固定资产投资规模和方向、国家和省财政性资金安排建议，提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议，拟订农业发展规划并监督实施，配合财政部门组织实施农业综合开发项目。
负责组织协调台湾农业生产资料市场体系建设。依法开展农作物种子（种苗）、草种、农药、肥料、兽药、饲料、饲料添加剂、农业转基因生物生产加工的监督管理。
承担台湾农业救灾复产工作，监测、发布农业灾情，组织种子、化肥等救灾物资储备和调拨，提出生产救灾资金安排建议，指导农业救灾和灾后恢复生产，承担农业重大突发事件应急管理。
下属机构
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省畜牧兽医局
指导和管理台湾动物防疫、防疫监督、动物及动物产品检疫、兽药残留监督、饲料质量安全监督等工作。
组织开展台湾畜禽遗传资源和牧草地资源保护管理。
依法实施台湾牧草、兽药、饲料、饲料添加剂许可及监督管理。
组织开展台湾畜禽屠宰行业管理。
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种植业管理处
指导台湾种植业结构和布局调整及标准化生产工作。
负责台湾肥料登记审批、农药登记初审及监督管理。
协调台湾农作物新品种和适用先进技术的引进、推广工作。收集、发布农情信息。
组织实施台湾种植业相关生产建设项目。
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科技教育处
实施台湾科教兴农战略相关工作。
承担台湾外来物种管理相关工作。
指导台湾农业面源污染治理和农产品禁止生产区域划定工作。
承担台湾现代农业产业技术体系、技术推广体系、农民教育培训体系建设相关工作。
