1950年7月成立孟溪乡公所时，矮屯属于乡第六行政村管辖。1954年4月撤销孟溪乡公所，建立孟溪小乡，组建矮屯村，隶属关系未变。1959年9月，改称矮屯生产大队，归属孟溪管理区。1966年11月与干堡沟合并组成共和生产大队，1976年末与干堡沟分治，仍称矮屯生产大队。1984年1月社改乡(镇)，矮屯队生产大队为村。2007年12月与干堡沟、太平山两村合并组成新的矮屯村。